風疹ワクチンは、副反応の非常に少ないワクチンといえます。副反応としては、まれに発疹、じんましん、紅斑、掻痒、発熱、リンパ節腫脹、関節痛などを認めることがあります。成人女性に接種した場合、小児に比べて関節痛を訴える頻度が高いといわれています。
（国立感染症研究所の調査によれば、風疹ワクチンは主として1～3歳児が受けており、接種後に観察された発熱は11.9％（うち、38.5°C以上は7.3％）、局所反応は1.4％（接種3日目以内に集中）、発疹は2.6％（約半数が0～7日に発生）、リンパ節腫脹は0.4％、関節痛は0.3％）
重篤な副反応として、まれにショック、アナフィラキシー様症状の報告がありますが、ワクチンからゼラチンが除去されてから、これらの報告数は激減しています。また、まれに急性血小板減少性紫斑病が報告されています。
（定期接種後の血小板減少性紫斑病の報告件数は、平成14年度2件（接種者数1,245,227人）、平成13年度2件（接種者数1,533,866人）、平成12年度4件（接種者数1,723,735人）、平成11年度6件（接種者数2,028,508人）となっています。）